Pada Bulan Jun Tahun 2013, AirAsia mengumumkan akan keluar dari pelaburannya di AirAsia Japan, menjadikan syarikat tersebut sebagai anak syarikat milik penuh ANA (All Nippon Airways). [2] AirAsia Japan mengumumkan pada bulan Ogos bahawa ia akan terus beroperasi di bawah jenama sekarang hingga Tarikh 26 Oktober 2013 dan kemudian akan dijenamakan semula sebagai Syarikat Penerbangan Vanilla Air berkuatkuasa 1 November 2013; Vanilla Air akan memulakan operasi dengan dua pesawat dan berkembang menjadi sepuluh pesawat menjelang tahun fiskal di Tahun 2015, dengan laluan domestik dan antarabangsa. [3] Semua kakitangan AirAsia Japan akan diwarisi oleh Syarikat Penerbangan Vanilla Air, dan syarikat penerbangan tersebut akan memberi tumpuan untuk melayani destinasi peranginan, akhirnya berkembang ke laluan yang lebih panjang selepas fokus awal pada rute jarak pendek. [4]

Pesawat AirAsia Japan dipindahkan ke Indonesia AirAsia, dengan Syarikat Penerbangan Vanilla Air hanya menyimpan dua pesawat pada awalnya. Walaupun Syarikat Penerbangan Vanilla Air akan terus beroperasi dari pangkalan utama AirAsia Japan di Lapangan Terbang Antarabangsa Narita, pengurangan armada memaksa peninggalan hab AirAsia Japan di Lapangan Terbang Antarabangsa Chubu Centrair . Namun, pengurusan Syarikat Penerbangan Vanilla Air menyatakan bahawa Chubu ialah calon terkuat untuk hab kedua. [5]

Pada akhir Bulan Julai, sebelum pengumuman penjenamaan semula, Ejensi Berita Nikkei melaporkan bahawa operasi AirAsia Japan yang disusun semula akan menumpukan pada pasar peranginan popular iaitu Sapporo, Okinawa, Honolulu, Guam dan Saipan ; [6] laporan kemudian menyatakan bahawa 70% kapasitinya akan bersifat antarabangsa, dengan lebih baik menggunakan sekatan slot di Lapangan Terbang Antarabangsa Narita dengan mengendalikan penerbangan keluar pada larut malam dan penerbangan kembali pada awal pagi. [7] Perluasan ke 10 pesawat bertujuan menjadikan syarikat penerbangan lebih kompetitif dengan Syarikat Penerbangan Jetstar Japan, sebuah syarikat penerbangan tambang rendah yang berpangkalan di Narita yang dimiliki sebahagiannya oleh Syarikat Penerbangan Japan Airlines . [8]

Syarikat Penerbangan Vanilla Air mengendalikan penerbangan pertamanya dari Narita ke Okinawa dan Taipei pada Tarikh 20 Disember 2013. [9] Syarikat Penerbangan Vanilla Air memperkenalkan "Vaniller's Pass," tiket satu bulan yang baik untuk perjalanan di laluan Tokyo-Amami, pada Bulan Disember Tahun 2014. Walaupun bertujuan untuk peminat berselancar dan menyelam di wilayah Tokyo, penumpang menggunakan pas untuk tujuan lain seperti menjaga anggota keluarga. [10]

Pada tahun-tahun pertama operasi, Syarikat Penerbangan Vanilla Air menghadapi kekurangan pilot dan beroperasi dengan kerugian bersih. Pada tahun fiskal yang berakhir pada Bulan Mac Tahun 2016, di tengah-tengah harga minyak yang rendah dan lonjakan pelancongan masuk ke Jepun, Syarikat Penerbangan Vanilla Air menghasilkan keuntungan operasi tahunan pertamanya, yang memungkinkannya untuk menghentikan rancangan pengembangannya. Pada Bulan Februari Tahun 2016, dilaporkan bahawa Vanilla Air akan mendirikan pangkalan kedua di Lapangan Terbang Antarabangsa Chiang Kai Shek untuk melayani destinasi di wilayah Asia Tenggara, menjadikan Syarikat Penerbangan Vanilla Air sebagai LCC Jepun pertama yang menggunakan hak luar negara ketiga. [11]

Pada Bulan Jun Tahun 2017 Syarikat Penerbangan Vanilla Air mendapat kritikan selepas penumpang yang kurang upaya terbang dari Amami ke Osaka terpaksa merangkak menaiki tangga untuk memasuki pesawat. Penumpang yang bernama, Hideto Kojima, diberitahu bahawa dia tidak akan dibenarkan menaiki pesawat jika dia tidak dapat menaiki tangga tanpa bantuan. [12] [13]

Pada Tarikh 22 Mac 2018, Syarikat Penerbangan All Nippon Airways mengumumkan penggabungan dua anak syarikat penerbangan tambang rendahnya iaitu Syarikat Penerbangan Peach Aviation dan Vanilla Air, bermula pada separuh kedua TK2018 dan akan diselesaikan pada akhir TK2019. Vanilla akan digabungkan menjadi Peach, merencanakan armada lebih dari 50 pesawat di luar FY2020 (naik dari 35 hari ini), beroperasi di lebih dari 50 laluan (dari 39) dan menargetkan pendapatan sebanyak ¥ 150 (1.36) miliar dan sebanyak 10% keuntungan operasi untuk TK2020. [14] Vanilla Air berhenti beroperasi pada Tarikh 26 Oktober 2019.